Збірна Словенії утворилася у 1991 році. До того часу словенські футболісти виступали за збірну Югославії.

Футбольний союз Словенії заснований в 1920 році.
Словенія член ФІФА і УЄФА із 1992 року.

Перші офіційні ігри Словенія провела в рамках кваліфікаційного турніру до чемпіонату Європи 1996 року.

Найбільш успішно збірна виступала у 2000 році. У відбірковій групі зайняла друге місце, і в стикових матчах переграла збірну України.
В стикових матчах до ЧС-2010 року словенці обіграли за сумою двох матчів збірну Росії.