Статус професіонального клубу «Поділля-Хмельницький» отримав 26 червня 2007 року. Перший матч на професіональному рівні команда провела 20 липня 2007 року в Кременчуці проти місцевого «Кременя» (матч першого попереднього етапу Кубка України), який програла з рахунком 0:1. Перший матч у чемпіонаті клуб провів 29 липня 2007 року у Борисполі проти команди «Княжа» з села Щасливого, який програв 0:4.

2 березня 2009 року рішенням бюро ПФЛ равонаступником КП ФК «Поділля-Хмельницький» визнано ТОВ «ПФК „Динамо“ м. Хмельницький». Сезон 2008/2009 Динамо завершило на 8 місці у своїй групі другої ліги. 17 червня 2009 було призначеного нового тренера. Ним став один з найкращих футболістів в історії хмельницького футболу Віктор Муравський, який у 1999—2002 р. двічі очолював Поділля.

Чемпіонат України
Станом на 1 квітня 2009 року в чемпіонаті клуб провів 49 ігор